冬季，山茱萸进入休眠期，深冬修剪，可防止树液流失，确保其安全越冬与翌年健壮生长，更重要的是改变树形，调节营养，使它由平面结果变成立体结果，从而达到提高单产增加总产的目的。
一、修剪方法
1．疏剪 又叫疏枝，其作用是促进剪口下部枝条萌发生长，缓和树势，多在枝条过密处把第一个枝条从基部剪去，可改善光照条件，延长结果枝寿命，促进花芽形成，提高坐果率。疏除促长旺枝，以平衡树势；疏去弱枝，可促进其它枝条生长。
2．短截 剪去树梢的一部分，也叫短剪。其作用是促进剪口下部芽萌发新枝，复壮老枝，促进开花结果。
3．回缩 即在多年生的枝条上短截，用于控制辅养枝，培养结果枝组，促进骨干枝的更新复壮。
4．缓放 又称长放。即保留枝条不修剪。一般只能缓放偏弱枝、下盘枝等。其作用一是缓和生长势：对旺树、旺枝可缓和生长势；对弱树弱枝，在加强水肥条件下能尽快恢复生长，壮大树势。二是有利于开花和结果：山茱萸具有腋芽开花结果的特性，缓放营养枝，可促进多开花多结果。
二、丰产树形的修剪与培养
1．疏散分层形 又叫主枝疏层形。主干高60～80cm，主枝在中心领导枝上，疏散分层形成。第一层选留主枝3个，临近排列，相距30～40cm，开张角度50°～60°；第二层选留主枝2个，排列在第一层主枝的空间；第三、四、五层各选留一个主枝，落头开心。层间距离：第一、二层间80～100cm，二、三层间60～70cm，错开排列。其特点是树冠圆满，骨架结构牢固，骨干枝分布合理，角度开张，通风透光；结果枝组在主枝、侧枝上着生，结果面积大，克服了在自然生长条件下枝干过多，枝冠郁闭的缺点。这种树形适合于房前屋后等零星栽植，以及土层深厚、生长旺盛的山茱萸树的整形修剪。
2．自然开心形 又叫无中心领导干枝开心形。主枝2～3个，高40～60cm，向外斜生，呈45°，方位角120°。每一个主枝上选留4个以上副主枝：第一副主枝选留在主枝外侧，第二、三、四副主枝顺序排列在主枝外侧，枝距间相距35cm左右。其上选留发育枝作为倒枝，培养结果枝组。这种树树形较矮，树冠开张，通风透光好，管理方便，适宜于土层较浅，土壤瘠薄的山坡地山茱萸树修剪整形。