花朝节由来已久，最早在春秋的《陶朱公书》中已有记载。至于“花神”，相传是指北魏夫人的女弟子女夷，传说她善于种花养花，被后人尊为“花神”，并把花朝节附会成她的节日。唐宋时已在宫廷、民间流传甚广，在花朝节里，人们纷纷相邀出城踏青，一边谈笑风生，一边欣赏百花。祭拜花神，种花、栽树、挑菜(指采摘野菜)，亲朋好友郊游雅宴，文人雅士饮酒赋诗，好不热闹。江南一带，花朝节还有“赏红”活动。人们将红布或红纸制成小旗或条条，缠系在花木树枝上或插在盆中，为花庆贺生日。
据考证，1368年朱元璋建都南京后，于聚宝门（今中华门）外设御花园育植百花。几百年来此地居民多为花农，花农为了保平安、保收成，在这里建了一座庙，占地约5亩，供奉百花仙子，花神庙因此而得名。康熙乾隆年间是花神庙的鼎盛时期。每年二月十二百花生日和九月十六的菊花生日，花神庙地区都举办花朝节庙会，游人如潮。达官显贵、平民百姓都来赏花消遣。文人雅士纷纷吟诗泼墨、刻碑留念，有名之士的碑刻达数十块。
白兰、茉莉、珠兰、栀子等都是花神庙的传统花卉，改革开放前，花神庙有8个生产队，其中7个队的村民以种花为生。太平天国时，花神庙毁于战火，但人们十分信奉百花仙子，将花神庙与善司庙合并，定为花神庙，有二进大殿，十九间厢房。
从成为皇家御花园那天起，花神庙就与花结下了不解之缘。五颜六色争奇斗艳的鲜花除了为花农们换来收入，也使得这一带成了远近闻名的景点。1983年，南京市园林局联合南京多家媒体共同举行了一次大投票，选出来“新金陵四十八景”，花神庙以“花神竞艳”被列为其中一景。