瓜叶菊生长期间，可能出现的虫害有：红蜘蛛，蚜虫，毒蛾，严重影响瓜叶的生长状况和观赏效果，一旦发现应及时防治。
红蜘蛛
危害
红蜘蛛对瓜叶菊的危害始于3月份，此时温室内温度干燥。越冬后的雌成虫此时开始取食产卵，它们通常在叶背主脉周围为害。受害叶正面最初可见失绿的小白点，逐渐变红，叶背面出现丝网，被害叶片最终会脱落。
防治方法
1、最早预防应在冬季，保证瓜叶菊周边环境清洁，及时清除杂草落叶，检查盆土，消灭越冬虫源。
2、在虫害发生期，若瓜叶菊尚未现蕾开花，可用2000倍40%三氯杀螨醇乳剂或者40%氧化乐果1000倍液每7天喷一次，共喷2－ 3次，效果较佳。
3、若瓜叶菊已现蕾开花，为避免花卉敏感，尽量不喷施农药。可采用叶面喷水冲洗或利用口香糖粘除虫外，亦可用一些天然植物如大蒜、大葱、花椒等捣烂水泡数天后的浸出液配合适量中性洗衣粉进行喷治。
蚜虫
危害
蚜虫体小，繁殖快，多群集在瓜叶菊的叶背及嫩茎吸取汁液为害。被害叶片变黄，向背面卷曲皱缩。一般冬季温暖、春季回暖早、雨水均匀的年份，在3月份开始为害。
防治方法
1、由于蚜虫会以卵在瓜叶菊上越冬，所以在冬季检查株体后，结合使用波美5度的石硫合剂喷洒植株，消灭越冬虫卵。
2、在蚜虫为害期喷洒40%氧化乐果1200倍－2000倍或40%乙酰甲胺磷1000倍液。为避免花期药害，也可用植物性药剂如3%天然除虫菊酯、25%鱼藤精、40%硫酸烟精，均可稀释为1000倍－1500倍液。
毒蛾
危害
毒蛾对瓜叶菊的为害主要是幼虫，常被称为毒毛虫。初龄幼虫群集为害，啃食叶肉，留下表皮，似天窗状。稍大的毒毛虫分散为害，将叶片咬成缺刻、孔洞。整个植株从下部较大叶片开始受害。虫害始盛期多在4月份，此时温室内温度稳定在20℃左右。
防治方法
若采取药物防治，可用50%杀螟硫磷或50%辛硫磷1000倍液喷施。但这时瓜叶菊通常处于花期，只有人工捕杀较稳妥。值得注意的是毒毛虫对人体皮肤有毒害，会引起皮炎，故须戴手套用镊子捉捕来加以防范。