日本晚樱常见的病害主要有根瘤病，炭疽病和叶穿孔病这三种，危害植株的正常生长。那么针对不同的病害该如何进行防治呢？
根瘤病
该病害的发生部位在地面或靠近地面的根颈部，或者也可能发生在砧木同接穗结合处，造成植株矮小，生长不良。症状表现为发病时，植株根部产生形态各异的瘤状物，多呈现褐色，表皮粗糙并常伴有龟裂状。防治方法如下：
掘出发病的日本晚樱植株，并冲干净根上的泥土，然后把根浸泡在1％的硫酸铜溶液中约5-8分钟，之后取出冲洗。之后取出冲洗，若有瘤状物，需进行切除并且在伤口处涂抹0.1％升汞溶液，最后可重新栽植。
炭疽病
在发病初期，幼嫩叶上出现圆形的病斑，而当这些病斑愈合后就会形成穿孔，六月以后叶片变硬，同时叶面上产生不规则状的粗糙病斑，颜色为褐色。发病严重的情况下，会造成大量的落叶，并伴有枯芽。防治方法如下：
一般每隔7-10天左右可交替喷施一次50％多菌灵可湿性颗粒500倍液，或是70％代森锰锌可湿性颗粒1000倍液等进行防治，需要连喷3，4次。必须注意的是，发病期间不能对叶片进行喷雾。
叶穿孔病
发病时，最初有灰褐色圆形小点着生在叶部上，后逐渐扩大成直径约3厘米的圆形斑，病斑的具体特征为其边界清晰，病斑外部呈紫褐色，而病斑内部则为白褐色，并带有轮纹，待病斑脱落后则有不规则的穿孔形成。防治方法如下：
发病后可每隔10天用50％加瑞农1000倍液喷施进行防治，连喷3-4次。