换水是水培植物的一项重要工作，如果长期不换水，水中的溶解氧含量降低，会影响根系的生长及吸收能力，另外植株在生理活动中会排出一些有害物质，当水中缺氧及有害物质含量较高时会导致植物生长不良，甚至死亡。
一般换水时间以5-7天为宜。但换水视季节情况而定，刚刚水培的花卉，要求1-2天换水1次。夏季植物生长旺盛，温度高，水易变质，时间应缩短。冬季植株大多处于半休眠或休眠状态，温度较低，换水间隔时间可长些。总体来说，换水时间间隔短些，对植物生长有利。
一般采用纯净水作为水培的容易。纯净水属于脱盐水，含盐量低，是水培花卉适宜的用水。除了含盐量低外，纯净水还有透明度好，没有污染的优点，是最理想的水培花卉用水。
另外，也可使用合格的饮用自来水作水培花卉的用水，但自来水消毒常用液氯，过量的氯对花卉根系有伤害，为使氯气得以释放，在使用前需要放置一段时间再用。
在换水时，应对根系进行清洗，可用清水冲掉根系上的黏液，并将部分腐烂根及已丧失吸收能力的老根剪除。容器使用一段时间后，器壁会黏附一沉淀物，而且也易着生青苔，换水时也应清洗干净。
还有一个小细节，给容器加水时，不能将根系全部浸入水中，根是腐烂掉的。最好是露出三分之一以上，这样根系既可在水中吸收溶解氧，也可从空气中吸收氧气。