说起万年寺的牡丹，和后蜀花蕊夫人还有一段故事。
自开明王和秦国李冰父子修凿都江堰，天府之国四川的经济更是发达。成都古称益州，诸葛亮在隆中对中说：“益州塞险，沃野千里。”五代十国时，凭借这里的富庶与地势，成都平原上先后建立了前蜀、后蜀，但青史留名、广为传诵的不是皇帝，也不是文臣武将，而是花蕊夫人。该女子生得很美，“花不足以拟其色，蕊差堪状其容。”
前蜀亡后，后唐庄宗以孟知祥为两川节度使，孟知祥到蜀后，后唐内乱，庄宗被杀，孟知祥野心膨胀，训练甲兵，到唐明宗死后，孟知祥就僭称帝号，但不数月而死，孟昶继位。
孟昶嫌后宫妃嫔没有绝色美女，便广征蜀地美女以充后宫。青城有一姓费的女子，生得风姿秀逸，且擅长吟咏，精工音律。后主闻其才色，选入宫中，十分嬖爱。因前蜀王建之妾小徐妃，号为花蕊夫人，也就袭其名称，封费氏为花蕊夫人。花蕊夫人，既温柔风流，更兼天赋歌喉，每逢侍宴，红牙按拍，檀板轻敲，声徐流水，余音袅袅，绕梁三日。
花蕊夫人最爱“红栀子花”，其实就是芙蓉花，它开起花来，其色斑红，其瓣六出，清香袭人；同时她也喜欢牡丹花，她爱牡丹的娇艳和富贵，爱牡丹的宫廷气质，很多时候面对牡丹，她总想到她自己。由于爱妃喜欢，孟昶便命臣民大量种植芙蓉和牡丹，并说：“洛阳牡丹甲天下，今后必使成都牡丹甲洛阳。”他还不借派人前往蜀中各地寻找优良品种，在宫中开辟“牡丹苑”。
牡丹园建起后，花蕊夫人整天流连于此，但又觉得种类太少，且不名贵，不免遗憾。此时，有人给她报告：“峨眉山的万年寺，其牡丹品质最优，品种最多，比起天彭牡丹，有其独特和名贵之处，不妨派人前去采撷，可极大地丰富宫中牡丹园的品种，娘娘一定会高兴。”
花蕊夫人听此一说，忙向孟昶请求，派人到峨眉山寻求新的牡丹品种，以充实牡丹园。
当时在蜀中，除了天彭牡丹，就只有峨眉山万年寺的牡丹最为名贵。于是，深爱花蕊夫人的孟昶，便派了宫中的使臣来到峨眉山。三月的峨眉，重重叠叠的深绿浅翠，说不尽千般变化，万般妩媚。牡丹使者踏着一路春光来到万年寺，此时正是谷雨时节，为赏牡丹的最佳时候，见万年寺园中花芳姿艳，白的如玉盘，红的似绣球，娇媚富贵，美不胜收。使臣不觉流连花前，欣赏花色，如痴如醉。
于是，这官差叫来寺院的住持和尚，宣读孟昶的诏书，意思是皇帝下旨将万年寺牡丹“悉数移栽宫中”，以充实宫苑牡丹园，供皇上观赏之用。住持一听如五雷轰顶，几欲昏死过去。万年寺的牡丹，为一代又一代僧人精心培育，方有今天的规模和品种，同时，这些牡丹也是万年寺的镇寺之宝。怎么可以“悉数移走”一株不留呢？
“必须阻止这一劫难的发生！”住持在心里说。
他表面应酬着那官差，一面在心里想着对策。完全不让宫里带走一部分牡丹是不可能的，只是如何才能不让宫廷“悉数移栽”，不让万年寺牡丹从此绝种才好。但圣旨已下焉能更改？他晚上睡在床上苦苦思索……
第二天起来，住持来到牡丹园，见那牡丹官差也在那里赏花。便与他攀谈起来。使者也是健谈之人，给住持大谈宫中之事，谈花蕊夫人如何漂亮，如何喜欢牡丹和芙蓉……住持听着，眼前忽地一亮：既然花蕊夫人爱牡丹，她也一定不愿意峨眉山的牡丹从此消失，一定会同意只移走一部分。何不派人前去宫中，向花蕊夫人说明情况，请求她同意留下万年寺的牡丹品种呢？
于是，住持派人到卧云庵请来自己的堂妹云空，写了一封短柬交给她，叫她火速赶到成都，务必设法面呈花蕊夫人。小尼姑云空不负所望，机灵地闯进宫里，正遇见花蕊夫人在牡丹园前流连徘徊，忙一鞠到地，呈上短柬。花蕊夫人看后，点了点头，然后回屋写了一首诗，交给云空带回去交给宫里的使臣。全诗是：“万年寺里牡丹香，牡丹香里寺万年。何须尽移蜀宫苑，忍叫峨眉不春天。”云空带回此诗，交到使臣手里时，那使臣也松了口气，说：“我也不忍心全部移走啊！”他遵从花蕊夫人的意思，将每个品种都留下若干，万年寺的牡丹这才逃过劫难。
峨眉山的牡丹来到孟昶的牡丹园安了家，立即以其独特的丰韵打动了花蕊夫人的心，她日日观赏，夜夜流连，伴着这国色天香不忍离去。孟昶见爱妃喜欢，心里也高兴，与花蕊夫人日夜盘桓花下；又召集群臣来到牡丹园，大开牡丹筵。那些臣子们见园中双开的有十株，黄的、白的各三株，黄白相间的四株，其余深红、浅红、深紫、浅紫、淡花、巨黄、洁白；正晕、侧晕，金含棱、银含棱；傍枝、副搏、合欢、重叠台，多至五十叶，面径七八寸，有的檀心如墨，整个牡丹园宛如绿云红雨，斑斓锦缎，千姿百态，也附庸风雅，赞赏不绝。
到了冬天，宫苑里的花朵逐渐稀少，花蕊夫人没有了芙蓉也没有了牡丹，显得落落寡欢。忽一日早上起来，宫女告诉她园里的牡丹开了。花蕊不敢相信，忙来到园中，果然见有两株从峨眉山移栽来的牡丹，迎着寒冷的冰霜俏丽地绽放，非常惊喜和诧异。她派人到峨眉山招来云空小尼询问，云空告诉她：“这是万年寺特有的品种，叫‘寒牡丹’，只想她离开万年寺就不会开的，托娘娘的福，居然照样开了。”花蕊夫人一听，高兴得不得了，赏了这小尼一些经书和玉器。
然而就在蜀主孟昶与花蕊夫人游宴寻诗的时候，中原地区的后周归德军节度使、检校太尉、殿前都检点赵匡胤效法郭威，演一幕“黄袍加身”的闹剧，取代后周而君临天下，国号宋，改元建隆，整军经武，南征北伐，目标逐渐指向后蜀。花蕊夫人屡次劝孟昶励精图治，孟昶总认为蜀地山川险阻，不足为虑。
宋太祖乾德二年（公元964年）11月，宋太祖赵匡胤命忠武节度使王全斌率军6万向蜀地进攻，14万蜀兵竟不战而溃。孟昶长叹一声，自缚出城请降。花蕊在城破之前，就似乎知道了后面的结局，她亲自来到牡丹园，挖了几株天彭和峨眉牡丹苗连同根上的泥土带在身边，好在远离蜀都的日子里，可以对花寄托故国之思。
绿柳才黄的时候，孟昶、花蕊夫人一行33人被押赴汴梁（今河南开封），蜀中百姓感念孟昶领导时的和平与富足，大家扶老携幼沿江相送，送他一行直到峨眉山下的岷江边，再眼睁睁地看着他们一行离开蜀国。孟昶迎风站在船头上，此时感动于蜀地百姓的善良，也感受到亡国之君的耻辱，眼泪像断线的珍珠一样直往下掉。
到汴梁后，孟昶被封为秦国公，封检校太师、兼中书令，重赏孟昶，连他的侍从家眷也—一赏赐。不想七天后孟昶暴疾而终，时年47岁，宋太祖下令厚葬。
孟昶葬在洛阳，他的家属仍留汴京，少不得入宫谢恩。太祖见花蕊夫人全身缟素，愈显得明眸皓齿，玉骨珊珊，便乘此机会，把她留在宫中，通令侍宴。花蕊夫人在这时候，身不由己，只得从命，饮酒中间，太祖知道花蕊夫人能诗，命她做诗一首。花蕊夫人沉思片刻，轻启朱唇：“君王城上树降旗，妾在深宫哪得知；十四万人齐解甲，更无一个是男儿。”宋太祖本也是个英雄人物。此时有感于花蕊夫人的故国之思，亡国之痛，竟更加深了对花蕊夫人的爱慕之心。不久封花蕊夫人为贵妃。
花蕊夫人在自己住的园子里，精心种下从蜀都带去的天彭牡丹和峨眉山牡丹。这些牡丹在远离家乡的地方，居然也顽强地绽放，艳丽如初，令花蕊夫人既欣喜又哀伤。自古红颜多薄命。在宫廷之乱中花蕊夫人后来被赵光义一箭射死……
而蜀宫中的峨眉山牡丹，却流落到平常百姓家，美丽了一座城市。